Thomas mula-mula bercakap dalam Injil Yohanes . Dalam Yohanes 11:16, [13] apabila Lazarus baru sahaja meninggal, dan para rasul tidak mahu kembali ke Yudea, Tomas berkata: "Marilah kita pergi juga, supaya kita mati bersama-sama dia." [lower-alpha 2]

Thomas bercakap sekali lagi dalam Yohanes 14:5. Di sana, Yesus baru saja menjelaskan bahawa dia akan pergi untuk menyediakan rumah syurga bagi para pengikutnya, dan suatu hari nanti mereka akan menyertainya di sana. Thomas bertindak balas dengan berkata, "Tuhan, kami tidak tahu ke mana Engkau pergi; dan bagaimana kami dapat mengetahui jalan itu?" [14]

Yohanes 20:24–29 [15] menceritakan bagaimana Tomas yang ragu-ragu pada mulanya ragu-ragu ketika dia mendengar bahawa Yesus telah bangkit dari antara orang mati dan menampakkan diri kepada rasul-rasul lain, sambil berkata, "Jika aku tidak melihat bekas paku pada tangannya, dan masukkan jariku ke dalam bekas paku, dan masukkan tanganku ke dalam lambungnya, aku tidak akan percaya." [16] Tetapi apabila Yesus muncul kemudian dan menjemput Tomas untuk menyentuh luka-lukanya dan melihat dia, Tomas menunjukkan kepercayaannya dengan berkata, "Tuanku dan Tuhanku". [17] Yesus kemudian berkata, "Tomas, kerana engkau telah melihat Aku, engkau telah percaya: berbahagialah mereka yang tidak melihat, tetapi percaya." [18]